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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出常见的菌物活力，其中包括抗淋巴肿瘤和抗虫毒的作用。一般，三萜是在甲羟戊酸有效途径合并的，并从当然草木和真菌感染中导出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学探讨开题报告。该科学探讨感觉三萜类无机化合物虫草粉酸（GA）是进行液态物质塑造培养的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学生成会行成的。用转录组和蛋白酶酶质组学枝术性进三步找寻无柄虫草菌丝体中DHT会行成有两种虫草酸（GA）的制度，并按照其多个学枝术性探测到的对比遗传基因和对比蛋白酶酶，预测出DHT 生态学聚合 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和用途分类整理

采用对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体参与转录组测序共获取67230个转录本和14293个单什么是基因遗传组。在许多单什么是基因遗传组中，49多个被签别为差异性传达什么是基因遗传组（DEGs），在在这当中213个传达调涨，279个传达下跌（图1A）。GO丰度分享后，DEGs氛围怪物进程（BP）、上皮细胞系物质（CC）和原子功能模块（MF）3类。在BP类型中，出现了了前4个子类型：抗生素类分解成消化吸收进程，冰醋酸盐消化吸收进程和甲酸盐消化吸收进程;而在CC类型中，上皮细胞系外区、突触pp体、突触构成是前4个亚类。而对于MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、脱色恢复原酶特异性和酸氨（或酰胺）连入酶特异性是前4个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG环路分享中，前30条丰度度高达的环路含有27条隶属于消化吸收，在在这当中二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收的信号环路显著性丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和功效几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

确认对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体参加核脂肪酸组学深入研究解析，加起来设定了16,457种有趣肽、2606种核脂肪酸和2588种按量核脂肪酸。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立必要条件下，这2606种核脂肪酸中，94种被鉴别为不一致性表达出方法核核核淀粉酶（DEPs），中仅的52种调涨，42种上涨（图2A），图2C显现了不一致性表达出方法核核核淀粉酶的聚类研究解析法深入研究解析热图。从GO深入研究解析你看，BP门类显现，大都数DEPs参加醋酸钠盐讲解成基础排泄时候、抗菌药讲解成讲解成基础排泄时候和肿瘤药物讲解成讲解成基础排泄时候。CC类DEPs在細胞外区、过氧化的的物酶体和微体中占有率很高，氧化的的复原酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的身材比例很高（图2B）。与转录组成果类似的，KEGG环路深入研究解析显现，大量DEPs在讲解成基础排泄中含有，中仅的3条最含有的有效途径是光合动物学中的碳固定的、碳讲解成基础排泄和MAPK信息环路（图2D）。除此以外，确认深入研究解析GO动态比对数据库的CC对DEPs参加亚細胞地位深入研究解析和批注（图2E），DEPs注意分布区在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs动物学转化成的注意地址。

图2|蛋白酶质组的酶联免疫法研究分析和工作查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物和转化了和對照组备选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个对比了解表明染色体（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共分的DEGs/DEPs做聚类了解了解，找到mRNA和蛋清质直接有15-7个调整染色体和5-7个下降染色体，DEGs和它的翻译工作的DEPs表明情况呈正一些，鉴于Pearson的一些因子了解，在转录组和蛋清质组直接查测到相对而言较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）论文检测可是显示信息，E组和C组19个DEGs的把你想表达爱出来平行异同偏态，这里面9个为上涨DEGs，俩个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想表达爱出来发展趋势与转录多组分析可是一样的。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测深入分析和效果效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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